Così durante i primi tre decenni del Novecento, in "Atti e memorie", la rivista della Deputazione, vengono pubblicati scritti principalmente relativi all'età Moderna (quella cioè compresa tra Quattrocento e periodo napoleonico).
Questa preferenza è anche da mettere in relazione agli uomini che in quegli anni si avvicendano alla Presidenza della Deputazione e, soprattutto al loro indirizzo culturale, espressione e frutto del pensiero dell'Italia di sinistra, laica e liberale, che aveva nel poeta Giosuè Carducci il proprio punto di riferimento ideale. Infatti nel lasso di tempo compreso tra il 1903 e il 1936 la Deputazione è guidata da tre uomini di indubbia grandezza scientifica quali Amedeo Crivellucci, allora docente di Storia moderna a Roma, Lodovico Zdekauer, storico del diritto e Giovanni Crocioni, filologo e per lungo tempo provveditore agli studi di Ancona. L'approccio con il quale ci si accosta all'indagine della storia non può che essere quindi quello proprio della storiografia positivista, caratterizzato dall'estrema accuratezza nella ricostruzione dei fatti e dall'attenzione rivolta ai particolari.
Gli studi del periodo sono incentrati soprattutto sul Quattrocento e i primi anni del Cinquecento con una peculiarità: essi riguardano in gran parte le vicende politico-militari, la storia economico-sociale e economico-giuridica dei centri marchigiani ma viene del tutto trascurata la realtà agricola e ciò appare singolare se si pensa all'enorme peso che l'agricoltura ha avuto (e ha tuttora) per la regione. Anche relativamente al Rinascimento non esistono, all'interno di "Atti e Memorie" scritti di un qualche spessore nonostante i grandi personaggi del tempo, mentre appare intuitivamente logico (se si ha in mente la matrice culturale degli uomini allora alla guida della Deputazione) il motivo per cui non trova adeguata trattazione la storia del XVI secolo: è questo, infatti il momento in cui inizia per l'Italia l'oscuro periodo della dominazione straniera, che avrà fine solo con il Risorgimento. Sulla storia e sulla cultura del Seicento appare in "Atti e Memorie" solo una nota riguardante il matematico Guidobaldo Del Monte (amico di Galileo Galilei) e anche per quel che attiene al XVIII secolo esistono solamente scritti di scarso rilievo letterario. La storia marchigiana relativa all' epoca della dominazione francese é invece oggetto di ben tre lavori riguardanti l'assedio di Ancona (1799) e la battaglia di Tolentino (1815). Tra il 1924 e il 1929 all'interno delle pubblicazioni della Deputazione cominciano ad apparire i primi studi riguardanti le popolazioni preistoriche della regione.
Nel 1934 il governo fascista dispone un riordino nell'organizzazione della Deputazione di cui diventa così presidente (1935) l'allora rettore dell'Università degli Studi di Macerata, Guido Bonolis, il quale però muore di lì a pochi anni ed è sostituito, nella carica, da Romeo Vuoli, docente a Milano, che resterà alla presidenza (salvo un periodo di gestione commissariale nel 1946-1947) fino al 1959. Dal tempo di Giovanni Crocioni (che diventa presidente nel 1922), per oltre trenta anni, la Deputazione è retta da uomini che non sono storici in senso stretto ed ecco forse perché nelle pubblicazioni del tempo c'è silenzio relativo alla storia moderna, silenzio al quale ovvia però, in parte, l'attività di un prolifico collaboratore di "Atti e memorie", Romualdo Sassi, dedito soprattutto alla stesura di curiosi articoli per la maggior parte riguardanti la città di Fabriano.
Si giunge così ai difficili anni della Seconda Guerra Mondiale e lascia perplessi la constatazione che, scorrendo gli articoli contenuti in "Atti e Memorie", non se ne abbia mai cenno, per esempio, in questi anni, vengono dedicati due articoli alla preistoria e protostoria: Problemi della preistoria nelle Marche (di U.A. Rellini, 1941) e I primi fondatori di Ancona (di M. Natalucci, 1942).
In silenzio si assiste sia al passaggio dalla dittatura fascista alla Repubblica sia ad un'altra transizione, questa volta interna alla Deputazione, quella cioè dall'ideologia laica all'ideologia cattolica comune alla maggior parte dei membri dell'epoca. E' grazie all'affermarsi di tale pensiero che vedranno la pubblicazione, infine, studi concernenti il periodo della dominazione pontificia nelle Marche.
Nel periodo immediatamente successivo alla caduta del fascismo la Deputazione attraversa un momento né facile né felice: di colpo vengono a mancare i finanziamenti statali, aumentano i costi delle pubblicazioni e inoltre diminuisce l'interesse per gli studi storici. Nel 1954 viene modificato lo Statuto e sono assegnati alle Deputazioni compiti più complessi e campi di indagine più estesi. Dopo la morte del Vuoli (1959) diventano presidenti prima (dal 1960 al 1972) Raffaele Elia, conservatore dell'archivio notarile di Ancona e Senatore democristiano, poi (dal 1972 al 1976) Monsignor Mario Natalucci prelato della curia anconetana e preside di scuole superiori. Entrambe le presidenze si pongono in continuità con quella del Vuoli ma allo stesso tempo iniziano a farsi notare nuove forze intellettuali: Elio Lodolini per esempio di cui si ricorda l'importante contributo relativo alla archivistica o Francesco Bonasera e, a partire dal 1964, Werther Angelini che affronta con un nuovo approccio metodologico la trattazione della storia di fine Settecento nel suo contributo Giornali Anconetani nel 1798. Anche il gruppo dirigente cambia e il presidente Natalucci viene affiancato dal Prof. Angelini nella veste di vicepresidente. Da questo momento all'interno delle pubblicazioni si darà una nuova impostazione alla storia marchigiana.
E' però a cominciare dal 1976, con l'elezione a presidente della Deputazione del prof. Werther Angelini, che maggiormente si avverte l'aria di rinnovamento e di apertura della Deputazione ai contributi dei più giovani. Il cambiamento investe la stessa rivista "Atti e Memorie": la maggior parte dei numeri infatti sarà composta da relazioni presentate in occasione di incontri di studio e convegni incentrati sia sull'età medievale che su quella moderna, così da garantire una certa organicità tematica all'interno della rivista stessa.
Pochi anni più tardi nel 1982 si riaccende anche l'interesse per l'archeologia grazie al rapporto sugli scavi dell'insediamento romano di Urbisaglia (MC) condotti nel 1977-1978, presentato dalla curatrice degli stessi la professoressa C. Delplace. Interesse che, dopo un periodo di stasi iniziata nel 1942, era già stato ridestato dalla pubblicazione, nel 1969, di un articolo di G. Forchielli, Antiche pievi e diocesi di Pesaro.
In linea generale l'attività culturale della Deputazione si muove lungo tre direttrici fondamentali:

1. lo svolgimento di riunioni accademiche;
2. l'organizzazione di convegni;
3. la pubblicazione di riviste (Atti e Memorie) e di volumi.

L'ambito di lavoro abbraccia un periodo storico alquanto esteso, dalla preistoria ad oggi, e ne approfondisce i temi più disparati di interesse specifico (dalla struttura della rete viaria all'amministrazione finanziaria, solo per citarne alcuni).